かつて妖精は”兵器”だった──。妖精の臓器が移植された「妖精兵」は、戦争から9年が経ち行き場を失っていた。主人公・マーリヤは違法妖精取締機関『ドロテア』と出会う。戦争の傷を拭えない元妖精兵と闘いながら、真の正義と親友・ヴェロニカの姿を追い求める。
